Thurahs Barokhave var også en frugthave, hvor alléerne bestod af frugttræer. Dermed indgik haven ikke blot som en del af stedets herlighedsværdi, dens frugter bidrog også til økonomien. Den dag i dag indgår havens æbler i Gl Holtegaards cider.
De fleste af frugttræerne kendes fra en liste fra Den Kongelige Frugttræsplanteskole i Odense fra 1795, der er den tidligste fortegnelse over frugttræssorter dyrket i Danmark.
Æblesorter
Almindelig rød Pigeon (1667)
Borgherre / Comptoir Æble
Flaskeæble / Nonnetitte
Hvid Vinter Pigeon
Løgæble (1653)
Muskat Reinet / Fransk Reinet
Grå høst Reinet (1800)
Orleans Reinet (1766)
Inde i havens 'kvarterer' er der plantet enkeltstående træer:
Blommer, morbær og kirsebær.
